Problema con .jar

Estoy realizando un proyecto en Netbeans con la ayuda de un libreria para la comunicación usb entre java y los microcontroladores de microchip, para cumplir con este fin debo tener en el Working Directory una carpeta. Mi problema es que cuando Netbeans me crea el .jar este no hace nada, si alguien me puede dar una indicación lo agradeceria mucho.