Persistencia con Hibernate en bd Mysql y tomcat

Hola como estan, me surge la siguente duda:

Tengo un proyecto funcionando con mysql, Hibernate y el servidor Tomcat, la persistencia la manejo con el objeto session de hibernate, lo que sucede es que estoy manejando el id Netbeans para el desarrollo del proyecto, y este al ser muy pesado en windows, tuve que pasarlo a linux y montar todo de nuevo, lo que sucede es que en el proyecto que tengo en windows, funciona perfectamente la persistencia, pero en el nuevo proyecto en linux con el mismo codigo y la misma base de datos la persistencia no funciona, o sea todo queda guardado en la cache de hibernate, y no hace la transaccion con la bd, cuando reinicio el servidor se pierde todo lo que habia hecho con la bd, lo raro es que en windows si funciona y a mi compañero el mismo codigo le funciona perfectamente en linux, ya tengo los flush y los clear correspondientes, y no puedo volver a windows porque el rendiemiento del id es muy bajo debido a que me toca manejar multiples maquinas virtuales, si a alguien le ha pasado algo similar y lo pudo solucionar por favor denme una respuesta de como lo hicieron, lo unico que puedo pensar es que puede ser el servidor o algo de las versiones de los plugin o cosas asi.....

Agradezco de antemano cualquier ayuda

rasilvap....