is longer than the server configured value of 'wait_timeout' (tiempo terminado y se pierde la conexion

Hola:

como configuro esto en tomcat , me pasa es que estoy con mi apliacion ( y supongamos que pasa cierto tiempo ) y ejecuto de nuevo
la sentecia de mi aplicacion y se pierde tengo que volver a reiniciar mi aplicacion y se termina el problema

estoy con blazeds spring y flex mas tomcat y mysql
esto tiene que ver con el tiempo de pool de conexiones y como lo configuro??????