una aplicacion para cada empresa vs una sola aplicacion para todas las empresas

tengo varios clientes de factura electronica entre ellos varios clientes que facturan intensivamente y en varias sucursales, de momento tengo en tomcat una sola aplicacion para todos los clientes.

la pregunta es para saber que optimizaria mas mis recursos de mi servidor web, seguir asi o desplegar una aplicacion para cada empresa grande y una solo para los clientes individuales?

al momento no he notado problemas pero se que viene una andanada de clientes pequeños que se integrarian en los proximos tres meses.