Invocar aplicación local desde la web con URI - (Invocación por protocolo)

Que tal, necesito saber como puedo invocar una aplicación instalada en mi equipo de una web desplegada en mi servidor.
para mas detalle, desearía hacer algo como lo que explican aquí. http://blogs.forja.cenatic.es/clienteafirma/?p=63

Agradezco de antemano todas la ayuda posible.