problemas para crear el algoritmo de Dijkstra

buen dia miren me encuentro con un problema en mi programa para implementar el algoritmo de Dijkstra (sin pesos), mas claro los arcos tendran valor de "1", les dejo mi código por que la verdad no se en que este mal.

package dijkstra;
import java.io.*;

/**
*
* @author Hellgate
*/
public class Dijkstra {
String [] Alctura1 = new String[6];
String lectura1="";
int iarreglo=0;
int contador=0;
int raiz;
int res=0;
int[][] mat1;
int[][] matpro;
int [] arreglo;
File archivo = new File("C:\\Users\\Hellgate\\Documents\\NetBeansProjects\\Dijkstra\\src\\dijkstra\\datos.txt");
FileReader lee=null;
BufferedReader buf =null;

public void leer() throws IOException{
int l=0;
try{
lee = new FileReader(archivo);
buf= new BufferedReader(lee);
//System.out.println(buf.readLine());
for(int i=0;i<6;i++){
lectura1=buf.readLine();
Alctura1[i]=lectura1;

}
}
catch(Exception e){
System.out.println(e.getMessage());
}
matriz();
leer2();
}
public void leer2() throws IOException{
buf.readLine();
String aux ="";
String aux2="";
String aux3="";
int iv=0;
int jv=0;
//perro.charAt(0);
for (int i=0;i<=Integer.parseInt(Alctura1[1]);i++){
aux=buf.readLine();
aux2=""+aux.charAt(0);
aux3=""+aux.charAt(4);
mat1[iv=Integer.parseInt(aux2)][jv=Integer.parseInt(aux3)]=1;
}
System.out.println("la nueva matrix");
for(int i=0;i

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Imagen de julgo

a simple vista el codigo esta

a simple vista el codigo esta incompleto no esta el metodo matriz ,el ciclo for no esta completo en la ultima linea , pudiste poner la ruta en el mismo FileReader ademas que no es necesario que tenga esa ruta tan larga dentro de tu proyecto el archivo pudo estar en ( C:\\tu_proyecto.txt ) , tienes variables innecesarias y no cierras el Buffered al llamar a leer2() no lo he probado pero parece que estas extrayendo null