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Modificar XML

Que tal, estoy modificando un cfdi, para agregarle una addenda que solicita un cliente. La addenda la agrego correctamente
pero al guardar el archivo, este no queda identico al original, me cambia el orden de las etiquetas en la parte de comprobante y otros.

Como puedo conservar la misma estructura del cfdi?.. ya que al momento de validar de nuevo el XML ya no es valido

String filepath = "c:\\xml\\" + files;
DocumentBuilderFactory factory = DocumentBuilderFactory.newInstance();
DocumentBuilder docBuilder = factory.newDocumentBuilder();                        
Document doc = docBuilder.parse(filepath);
doc.setXmlVersion("1.0");

... creacion de los nodos

TransformerFactory transformerFactory = TransformerFactory.newInstance();
Transformer transformer = transformerFactory.newTransformer();
DOMSource source = new DOMSource(doc);
StreamResult result = new StreamResult(new File(filepath));
transformer.transform(source, result);

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Imagen de Nopalin

Te recomiendo simplexml o

Te recomiendo simplexml o jsoup.

Saludos

Imagen de ale_imp

Jsoup

En lo personal me sirvio mucho.

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