Guardar datos en java

Buenas Tardes.

Tengo un método para guardar un archivo, éste recibe como parámetro el nombre del archivo y la cadena a guardar. El método lo mando a llamar dentro del método run() de la interfaz Runnable(). El problema que tengo es que al ejecutar el hilo, sólo se guarda una sola línea, ya intenté ponerle el newLine() y el append() pero no me funciona, los he movido de lugar pero tampoco funciona. Este es mi código.

Como les decía, sólo guarda la primera palabra. El programa debe analizar una expresión regular, las cadenas son leídas desde un archivo de texto y valida si las cadenas son válidas o no y las separa conforme su clasificación. El hilo lo utilizo para que se vea la forma en que analiza cada caracter de la cadena. Tengo un método similar a éste, el cual se ejecuta al presionar la tecla ESC, pero ese sí funciona. No se que estoy haciendo mal, la idea es que cada vez que entre una nueva cadena la guarde en el archivo como una nueva línea.