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mi build.gradle genera un war de todo un mi proyecto en java

apply plugin: 'java'
apply plugin: 'eclipse'
apply plugin: 'war'
defaultTasks 'build'

sourceCompatibility = 1.6
sourceSets {
main {
java {
srcDir 'AxisAgenda/src'
}
resources {
srcDir 'AxisAgenda/src/resources'
}
}

test {
java {
srcDir 'AxisAgenda/src'
}
resources {
srcDir 'AxisAgenda/src/resources'
}
}
}

dependencies {

compile fileTree('C:\\lib_axis')
//compile fileTree('C:\\modules')
//compile fileTree('C:\\lib')

}

war {
from 'AxisAgenda/src'
webInf { from 'AxisAgenda/WebContent' }
classpath fileTree('additionalLibs')

//exclude module : 'C:\\modules')
//exclude('C:\\lib')
}

pero tengo un inconveniente que el .war que genero es diferente la estructura que proyecto original ???
alguien me puede decir como puedo cambiar la estructura en gradle, deseo yo mismo manejar la estructura del .war a generarse

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